Space Battleship Yamato 2199

Quando a última frota espacial das forças da ONU luta contra as forças de Gamilas perto de Plutão, uma misteriosa nave espacial faz um pouso de emergência em Marte.

O encouraçado espacial humano Yamato é construído em segredo. Yamato tem que viajar para o planeta Iscandar, a 168.000 anos-luz da Terra.

Yamato tem problemas no motor durante o teste do sistema de warp drive. Quando a tripulação está consertando em Júpiter, as forças de Gamilas atacam Yamato.

Yamato recebe um sinal de resgate de uma nave espacial da ONU na sexta lua de Saturno, Enceladus.

Há uma base de lançamento de bombas de meteoritos Gamilas em Plutão. A Terra está devastada pelas bombas até agora. Capitão Okita decide atacar a base.

O esquadrão de caças do Yamato continua procurando uma base inimiga em Plutão. Durante uma luta confusa, Kodai descobre algo.

Yamato vai passar pela Heliopausa. A tripulação tem permissão para entrar em contato com cada um de sua família, há uma tristeza sem fim pela despedida.

Na capital de Gamilas, Dethler mostrará ao estado que as forças de Gamilas atacam e afundam Yamato por sua estratégia, porque quer mostrar seu poder aos ministros.

Enquanto AU09 (a.k.a Analyzer) analisa um soldado andróide Gamilas que a tripulação do Yamato capturou, a amizade começou a crescer entre eles. Há coração nas máquinas?

Yamato cai numa falha dimensional que destruiu muitas naves espaciais, como o cemitério do universo.

As opiniões da tripulação do Yamato se opõem sobre Melda que sobreviveu a um piloto das forças Gamilas.

Quem começou a guerra, ONU ou Gamilas? A pergunta e a verdade abrem uma lacuna entre Kodai e Shima. Enquanto isso, Dethler ordena que Domel subjugue Yamato.

Enquanto o inimigo invisível ataca Yamato, Capitão Okita desmaia de sua doença.